Hola Noguer,
Si lo entiendo bien, CYPECAD no marca como error el que tengas momento positivo en el apoyo, lo que hace es advertirte que está ocurriendo eso, entonces tu debes tomar tus decisiones al respecto.
Sobre lo que ocurre en tu caso:
Si existe momento positivo en el apoyo (intersección con viga) es porque esa viga no es o suficientemente rígida, si bien aporta algo, es muy poco. Para eliminar ese momento positivo deberías hacer una de dos:
1. Eliminar esa viga intermedia, que me parece que no está cumpliendo alguna función importante. En caso de que si cumpla alguna función la tendrás que dejar. Cuando la elimines podrás ver cuando varían los momentos en las viguetas, estimo que será poco.
2. Aumentar la rigidez de la viga, esto para que se sienta el aporte y no sea solo un elemento intermedio, sino sea un apoyo como tal.
En resumen, ese no es un error, si la viga intermedia es necesaria la dejas, pero al estar dos vigas tan cerca sucede este tipo de efecto. No es de preocupar porque no es un error.
Espero haberte ayudado.
Saludos