En experiencia siempre es complicado al guiarse por la plantilla CAD que colores designar para en el momento de poner columnas y vigas los colores no te hagan perder y optimizar el tiempo, que tips para evitar eso se pueden mencionar , ya que ocurre en los proyectos
No tuve problemas con esto o quizá no estoy entendiendo bien el problema que tienes. Si el problema es la visualización de los colores que debes modificar en CAD para que se vean bien en CYPECAD aquí te dejo la solución, sirve para cambiar los colores y se vea mucho mejor dependiendo del color de fondo que estás utilizando.